PSMS berlatih jelang hadapi Nusantara United babak playoff degradasi Liga 2 musim ini di Stadion Kebo Giro, Boyolali, Jawa Tengah (dok.PSMS)
Nah, satu lagi masalah klasik yang kerap membelit PSMS adalah dualisme. Bahkan masih terjadi hingga kini.
Dualisme saat kompetisi terbelah jadi ISL dan IPL. PSMS pun terbelah dua juga demi bermain di dua kompetisi itu. Saat degradasi pun, PSMS belum bersatu karena kompetisi juga masih dua. Duo PSMS sama-sama berlanjut di Divisi Utama ISL dan IPL (LPIS).
Hingga tahun 2014, pertama kali PSMS bersatu. Tahun 2018, terjadi lagi polemik logo. Kubu PT Pesemes yang dipimoin Syukri Wardi yang merasa sudah mendaftarkan logo dan merek PSMS ke Kemenkumham menuntut manajemen di bawah bendera PT Kinantan Medan Indonesia yang saat itu menukangi PSMS di Liga 1.
Tak cukup sampai di situ tahun 2019, klub-klub anggota PSMS menggelar Rapat Anggota Luar Biasa (RALB) dan memilih ketua umum bernama Adi Syahputra.
Tahun 2021, polemik logo di Mahkamah Agung diputuskan PSMS milik masyarakat. Namun hingga kini kepengurusan PSMS versi RALB masih ada, meski tim yang diakui PT LIB masih di bawah manajemen PT Kinantan Medan Indonesia.