Sejarah Siantar dimulai di Pulau Holing. Kerajaan dipimpin Tuan Sangnaualuh Damanik. Dia adalah raja terakhir dari dinasti keturunan marga Damanik tahun 1906. Kerajaan lalu menjadi sebuah perkampungan. Mulai dari Kampung Suhi Haluan, Siantar Bayu, Suhi Kahean, Pantoan, Suhi Bah Bosar, dan Tomuan. Itu menjadi daerah hukum Pematangsiantar.
Pulau Holing menjadi Kampung Pematang, Siantar Bayu menjadi Kampung Pusat Kota, Suhi Kahean menjadi Kampung Sipinggol-pinggol, Kampung Melayu, Martoba, Sukadame, dan Bane. Suhi Bah Bosar menjadi Kampung Kristen, Karo, Tomuan, Pantoan, Toba dan Martimbang.
Empat tahun berselang, Badan Persiapan Kota Siantar dibentuk.Lalu pada 1 Juli 1917 berdasarkan Stad Blad No. 285 Pematangsiantar berubah menjadi Gemente yang mempunyai otonomi sendiri. Sejak Januari 1939 berdasarkan Stad Blad No. 717 berubah menjadi Gemente yang mempunyai Dewan.
Pada zaman Jepang berubah menjadi Siantar State dan Dewan dihapus. Setelah Proklamasi kemerdekaan, Pematangsiantar kembali menjadi Daerah Otonomi. Berdasarkan Undang-undang No.22/ 1948 Status Gemente menjadi Kota Kabupaten Simalungun dan Wali Kota dirangkap oleh Bupati Simalungun sampai tahun 1957.