Universitas Malikussaleh didirikan dengan mengambil nama besar Raja Kerajaan Samudera Pasai pertama, yang dilandasi pada semangat estafet kepemimpinan dan pembangunan yang telah diletakkannya melalui sifat kepeloporan, kedinamisan, serta patriotismenya Sultan Malikussaleh.
Universitas Malikussaleh bermula dari menjelmanya Akademi Ilmu Agama jurusan Syariah yang didirikan tahun 1969. Tahun 1971, Akademi Ilmu Agama diubah namanya menjadi Perguruan Tinggi Islam dengan jurusan Akademi Syariah, jurusan Akademi Ilmu Politik, jurusan Akademi Tarbiyah, serta jurusan Dayah Tinggi/Pesantren Luhur.
Perguruan Tinggi Islam ini mengalami perubahan nama lagi menjadi Perguruan Tinggi Islam Malikussaleh (disingkat dengan sebutan PERTIM), melalui Surat Keputusan Yayasan Perguruan Tinggi Islam tanggal 24 Mei 1972. Tahun 1980 menjadi Yayasan Universitas Malikussaleh dengan singkatan Unima.
Kondisi politik di Aceh yang ditandai oleh konflik berkepanjangan telah menimbulkan dampak yang serius dan mendalam terhadap sendi-sendi kehidupan masyarakat Aceh, berupa kehilangan harkat dan martabat, degradasi nilai-nilai sosial yang semakin memprihatinkan dan semakin menjauhkan dari suasana Masyarakat Madani (Civil Society). Apabila kondisi ini dibiarkan berlarut-larut tanpa upaya penyelesaian yang kongkrit dan komprehensif, maka dapat menimbulkan ancaman terjadinya disintegrasi bangsa.
Untuk membangun kembali kepercayaan masyarakat Aceh kepada Pemerintah Pusat yang berkesinambungan dalam suasana masyarakat Madani, diperlukan adanya usaha untuk melahirkan sebuah Universitas Negeri kedua setelah Universitas Syiah Kuala yang merupakan dambaan masyarakat Samudera Pasai khususnya dan masyarakat Aceh umumnya.
Kala itu Presiden RI Abdurrahman Wahid (almarhum Gusdur) memiliki peranan penting dalam menginisiasi penegerian Unimal sebagai salah satu upaya rekonsiliasi dan membantu anak anak kurang mampu di wilayah Aceh.
Upaya ini merupakan bagian dari proses penyelesaian konflik Aceh yang menyeluruh sebagai suatu kebijakan strategis politik, mengingat wilayah Samudera Pasai yang terdiri dari Kabupaten Aceh Utara, Bireuen, Pidie, Aceh Timur, Aceh Tengah, dan Aceh Tenggara yang sebahagian wilayahnya merupakan daerah pusat konflik paling bergolak. serta paling intensif menentang pemerintah pusat sebagai akibat dari ketidakadilan dan kekeliruan kebijakan Pemerintah Pusat di masa lalu. Disamping itu, di wilayah tersebut juga memiliki deposit sumber daya alam yang maha kaya yang dapat diolah bagi kemakmuran masyarakat.
