Kisame merupakan ninja Kirigakure yang bertugas sebagai salah satu divisi di Kirigakure di bawah Fuguki Suikazan.
Saat misi, dia bersama dengan tim dikepung oleh ninja Konoga karena suatu sebab. Kisame diperintahkan oleh Fuguki untuk membunuh rekannya dengan alasan mencegah bocornya informasi ke tangan musuh. Ternyata, dia mengetahui bahwa Fuguki juga menjual informasi rahasia desa kepada shinobi desa lain. Mengetahui hal ini, loyalitasnya pada desa mendorong dia untuk membunuh Fuguki.
Dia menghabisi Fuguki dan merebut Samehada. Kejadian ini membuat hidupnya limbung. Dia beranggapan bahwa dunia hanya penuh dengan kebohongan.
Setelah kejadian itu, Kisame melakukan beberapa kejahatan kriminal seperti menggulingkan pemerintahan beberapa desa, membunuh kepala desa, dan juga membawa lari Samehada. Dalam pencariannya akan kebenaran hidup, dia diiming-iming oleh Obito (masih menggunakan identitas Madara) untuk mewujudkan rencana Mata Bulan. Kemudian, Kisame bergabung dengan Akatsuki.